「アートメイクしてるとMRIに入れない」
現在ではそれはほぼ都市伝説と考えていいでしょう。
　
アートメイクやタトゥーを受けた部分が「燃える」「火花が散る」は言い過ぎで、そこまでの事はまずありません。
　
MRISafety.com (英語サイト、MRIとタトゥー、アートメイクやアイメイクアップの関係について記述されています）

色素に含まれる酸化鉄は磁気に反応するため安全上好ましくないと言われた時期がありました。タトゥー部位にやけどを生じる可能性が言われてきました。また、色素に含まれる金属成分が画像のノイズとなるとも言われていました。
　
でもだいぶ前から日本国内でも海外でも、酸化鉄の含量が少ない色素が主流となっています。よく使われている色素はアメリカのFDA （食品医薬品局）の承認を得たものや、 ドイツなどで生産された色素です。
　
日本国内の病院ではアートメイクやタトゥーが入っているからとの理由で、MRIを断る例は確かにあります。でも多くが受け入れています。仮に色素で不具合が起こる可能性があったとしても、検査を受けることで患者が得られる利益、病気の早期発見や、病巣の位置の確認などが出来るほうが重要であることは言うまでもありません。
　
多くの場合、現在では何らかの反応を感じたとしても、むずむず感やごくわずかに暖かく感じた程度でおさまるものです。
　　
そしてMRIに入るときは具合が悪くなった時に知らせるためのブザーを持って入ります。変だなと感じたら、ブザーを押して機械を止めてもらえるし、それで間に合うでしょう。
　
アートメイクを受ける前に、施術をする人に色素について質問して確認して下さい。施術をする技術者は必ずMRIに関連する情報をリスクを含めて説明する義務があると心得て下さい。そのために、自分が使っている色素の成分やMRIとの関係をよく調べ、内容のアップデートも必要です。常に情報収集を続けましょう。
　
そして検査を受けるとき、アートメイクやタトゥーがある人は申告するようにと言われたら、ちゃんと担当の先生や看護師さん、検査技師さんに伝えましょう。
　
被害に関する考え方が日本と海外では異なっていると言う事も合わせて考慮しましょう。

日本や韓国のように通達で医師免許とされている以外の国では、アートメイクやタトゥーは ライセンス制で、医師や検査技師とライセンスを持つアートメイクやタトゥーの技術者は協力体制にあり、情報を共有して双方方向からお客様の安全確保に取り組んでいます。

日本の場合、アートメイクを昔からやっていた医師から一般技術者からMRIを含む医学的方面からの知識色々学べる機会があり、海外の状態と同じように情報が共有されていました。
　
それを恐らく厚労省は知らないで通達を出したのでしょう。